Os portos tiveram papel central no funcionamento do Brasil colonial. Durante séculos, praticamente toda a economia da colônia dependia do transporte marítimo, já que Portugal utilizava o território brasileiro principalmente como fornecedor de riquezas e matérias-primas para o mercado europeu.
Através dos portos circulavam produtos agrícolas, ouro, escravizados africanos, mercadorias europeias e informações vindas da metrópole. Eles eram os principais pontos de conexão entre o Brasil e o restante do mundo.
Além da importância econômica, os portos também influenciavam a formação das cidades, a organização social e o controle político da colônia.